第三季中，科尔和拉姆丝试图回到2016年阻止最初病毒的释放，却发现“十二猴子”组织已经渗透进了各个时空维度。他们并非单纯想毁灭人类，而是在进行一项宏大的社会实验：制造末日，筛选出能够“心灵感应”的新人类。这一季，科尔发现了自己童年的另一个版本，那个版本从未被送去未来，反而成为了猴军的精神领袖。同时，病毒学家琼斯博士发现，病毒的原始代码里包含一段情诗，署名是科尔的父亲。时间线彻底崩溃，过去、现在、未来开始重叠，科尔必须在记忆被抹除前，找到那个写下情诗的“第一因”。

本季将混乱的时间线玩到了极致，情感冲击力远超之前。每一集都像是一个独立的时间悖论谜题，却又紧密服务于主线。对孤独与人性的探讨，让科幻设定落地，悲壮而浪漫。