承接第一季结局，元星表面的暴乱被镇压，但一个名为“净化会”的神秘组织利用灾难建立了极权政府。瑞在爆炸中失忆，流落到地下反抗组织“黑巷”控制的贫民窟。他忘记了如何战斗，但身体里的纳米核心却在不断暴走。为了找回身份，瑞被迫参加地下角斗场，却意外遇到了曾经亦敌亦友的追风部队残部。随着记忆碎片重组，瑞发现“净化会”首领正是当年制造他的科学家，而重启纳米核心的代价是彻底抹除瑞剩余的人性。在最后的卫星炮打击下，瑞选择不完全进化，以人之躯驾驭神之力，完成了对旧时代的告别。

第二季明显加大了打斗作画密度，每一帧都能看到经费在燃烧。剧情从拯救世界转向了更细腻的自我认同探索，虽然节奏略微拖沓，但对于国漫来说，这种硬核科幻的坚持值得满分。